漕运改革简单来说，就如同后世国有运输公司大部分资产变为个人所有一样，留下来的漕军按月计薪，大部分漕军连同船只转为个人运营。
在朱由检的授意下，这部分人只是象征性的缴纳了一点钱粮作为了购船费用。
朱由检认为，就算这是所谓的“国有资产”流失，但这种流失，得利的是广大下层民众，并非极少数人趁机从中获取巨大利益，所以他并未觉着哪里不对。
漕军们的悲惨境遇，朱由检早就派人调查的一清二楚，而漕运改革，正是基于让广大底层百姓过上好日子的想法。
李怀普在整个漕运改革过程中表现出来的强硬和睿智让朱由检十分欣赏，对他就任广西后的作为也充满了期待。