机速房是建立在战争需要的基础上的，因此，当战争结束时，机速房也就失去了它原有的功用而被闲置，并面临着被罢黜的命运，但当战乱又起时，朝廷则会恢复机速房的建制。
绍兴二十九年（1159年），朝廷以“祖宗旧制枢密院即无机速房”为由将机速房“合行减罢，所掌职事依旧本院诸房以科目掌行”，正式取消了机速房。
可惜好景不长，绍兴三十一年（1161年）九月，金海陵王南侵，与南宋开始了正面冲突；十月，宋高宗为抵制进兵南下“复置机速房”，称为“三省枢密院机速房”。
这一时期的机速房仍然负责处理边防兵机等事，地位之显赫不减当年，“每朝，二府先共呈机速房事。
即毕，宰相兼枢密使自与其贰呈西府文书”，“枢密院之权反夺于机速房”。
到了隆兴二年（1164年）宋金和议达成之后，双方关系一直比较和缓，机速房再一次失去了存在的价值。
乾道八年（1172年）机速房被撤销，其职事中“凡钱粮事归三省，边防、兵政归密院焉”。
高宗朝与孝宗朝的机速房因间隔时间短，职能相似，故可以看作是同一时期。
宋宁宗开禧年间（1206-1207年），韩侂胄为建立盖世之功准备进行北伐，为此他“置机速房於私第，应御前金字牌悉留家中”，以机速房作为自己施政发令之所。
在北伐失败后，机速房也随之被撤销。
咸淳九年（1273年）襄阳城的陷落震惊了南宋朝野，权相贾似道假装“请亲行边”督战，宋度宗为留住贾似道“旋降御笔别置机速房，亦建督于京之意”。
这次开设机速房的目是为了革除“枢密院漏泄兵事，稽违边报之弊”，“专行密院急切之事。且大开言路，以集众思”。
周密在《葵辛杂识》中详细的记载了这一时期机速房的职掌和编制：机速房主掌“急切边事”，拥有“先行后奏”的权力，“凡有上书献书关涉边事者”也要先“送本房面问”。
机速房的经费来源于封樁库，“封樁库内支第一料金五百两，银一万两，关子银五万两，十八界会子二十万”用于机速房日常开支；其编制有“辟属官二员，右司许自，检详家铉翁，制领十员，使臣九十员”。
另外机速房还有办公人员“提点文字沈因、张梦龙、徐良弼、沈大发，书写文字王景阳、张汝楫、吴桂芳，监印陈柯、汪云、郑大渊”。
机速房虽位高权重，但实际上，这一时期的机速房没有起到任何作用，时人对其的评价是“一筹不画，坐致危亡”。
最后，机速房随着南宋的灭亡而彻底消失在了历史的长河中。
机速房前后共出现了三次，但实际上发挥作用了的仅在第一时期。
根据《宋会要》的记载，南宋前期的机速房具有“遣发间探人并回推恩探报事宜”的职能，那它就应该是枢密院中负责处理间谍事务的特别部门。
由于历来间谍的使用与派遣都是一件非常机密的事情，史书上很难见到确切的记载，机速房是如何进行这项工作的，我们已无法考证，可以肯定的是机速房的这项职能并非凭空出现。
机速房负责处理间谍事务的职能应该继承于御营司。
虽然御营司的职责根据史料记载是“总齐军中之政”，并无说明御营司有管理间谍事务的职能，但在御营司下有御营使司激赏库“专充军书警奏间探之用”。
即此库经费专供颁降军中文书、烽火急奏及派遣间谍之用。
由此我们可以推测，当时中央的间谍事务应是由御营司全面负责的，当御营司被撤销之后，这项职责便由机速房所继承。
机速房被取消后“凡钱粮事归三省，边防、兵政归密院焉”，枢密院收回了原有权力。
机速房被废期间，所有职能由枢密院重新划分，因此枢密院应该有某一部门接管了机速房原有的处理间谍事务的工作，但由于间谍机构所肩负的特殊使命，使得他们习惯于以一种隐蔽的方式存在于历史的背后，这就给后世的研究带来了许多困难。
枢密院究竟是哪一部门负责此项事务？如何运作？
这些问题我们已无法知道，唯一可以确定的是，宋朝的间谍活动是一项由政府指使的有组织、有目的的特殊活动。
此外宋朝与周边政权的较量主要在各沿边地区，这里不仅是正面战争的第一线，同时也是双方间谍战的第一战场。
无论哪一方均投入了大量的人力、财力募谍、用谍，在千里边境线上斗谋较智，试图获取对方的第一手情报，做到“知己知彼”，在对峙中占据主动地位。
宋朝边防间谍的组织与派遣主要有两种形式：一是由边臣个人根据需要招募、派遣间谍；二是由沿边各州军及安抚司招募、派遣间谍。
这里面包括边臣个人的间谍行为，因为宋朝的沿边城市由于与敌国接壤，战略地位极其重要。
一旦战争开始便首当其冲；烟燧不起之日，这些城市就是对外交流的前站。
故历代皇帝都对这些城市守臣的选派和任命持谨慎态度，所选任的大都是强勇干练之臣。
这