看见木叶三忍在那里休息，弥彦壮着胆子走过去，与自来也等人谈话。但是长门无法接受木叶忍者，原因是父母之死。在大雨中，三忍即将离去，弥彦提出了想要学习忍术，小南把纸花递给纲手。大蛇丸心性阴冷，“杀掉这些小鬼吧！我看过太多的战争孤儿，都非常凄惨……干脆在这里杀掉他们，也是为了这些孩子，对他们来说也是一种幸福……”这种离谱的提议，自然被自来也和纲手否决。自来也让大蛇丸和纲手先回去，“我留下来暂时照顾一下这些孩子，起码等到他们能够自立为止。权当作对这个饱受战火国家的补偿。”
长门对木叶忍者芥蒂很深，但自来也给人的感觉与众不同。这样就开始了师徒4人的生活。不久之后发生了一件事情。岩忍的余党来袭击了弥彦和长门，在弥彦即将被杀掉的瞬间，长门用轮回眼的力量杀掉了那个岩忍，而且是无意识的。随后，自来也和小南赶到这里，自来也发现长门有一种特殊的力量，那就是名为轮回眼的瞳术。这件事之后，本来一直疏于教导他们忍者修行的自来也，开始认真传授三人忍术。
虽然自来也说那是为了防身的忍术，但对长门来说，那是为了能让他控制轮回眼的力量。但长门害怕这种力量，仇恨在让力量失控。长门认为自己做错了事情，罪恶感一直责备着他。但是自来也从低谷中拯救了他，告诉他力量也许会伤害人，但也能拯救别人，弥彦就因此逃过一劫。“你保护了朋友，你做的应该是正确的事情。谁也没有权利来责备你……”等长门回过神来，他发现自己已经在不知不觉中认同了自来也老师。
自来也说，“受到伤害会记住仇恨，伤害了别人会遭到憎恨……但是当体会了这种痛楚之后，才能真正地善待他人。人们是在体会痛楚之后，才会成长的。成长之后要怎么做，这就要自己去考虑了。体会痛楚，不断地思考，得出怎样的答案……”自来也仿佛也是说给自己听一样，这样教导长门，但是他自己也没有找出答案。长门道，“就如同你现在一样，鸣人。”
当时长门觉得自己找到了答案，“我只要保护两个人，不管会伴随着怎样的痛苦。”自来也告诉长门，“这个忍者的世界充满了仇恨，战争和憎恨到处蔓延……我在想着如何消除它……和平究竟是什么，我想找到这个答案。”这之后过了3年，通过修行，3个孩子变成了少年，身心都有所成长。只是自来也的话一直留在长门心中翻滚，久久难以释怀。
自来也把这个答案寄托在了长门的轮回眼上，“很久以前，人们经常争斗，战争不断，是比现在更加惨烈的时代。那个时代出现了一个僧侣，首次阐明了查克拉的真理，想将世界引向和平。传说他走遍世界，传播忍术绝学，宣传自己的教义。忍术并非只包括武力，同时也是将人们引向和平的教诲。这位僧人就是六道仙人，是被冠以世界救世主的圣人，而他拥有的正是轮回眼。[我乃维护安宁秩序之人]，这是六道仙人的格言。他坚信人们能够真正相互理解的世界，终将到来。”自来也认为长门可能就是这位仙人的转世，轮回眼寄托着仙人的心愿。
把和平的希望寄托给了长门和弥彦，自来也就离开了他们。弥彦不负众望，成为了大家的首领，不久将其发展壮大，并当上了这个庞大的组织的领袖，许多忍者加入了进去。这个组织就叫做晓，很快就名声大振，大家都赞同构建一个不靠极端武力维持的和平世界。但是，当时依然处于第二次忍界大战期间，岩隐、木叶、砂隐三大忍村还在交战中。雨隐的首领半藏，听闻了这个组织，故意接近了弥彦等人。因为半藏已经无法忽视弥彦等人的存在了。半藏提出以晓作为主体，向三大国提出和平交涉的提案。
为了达成这个和平协议，弥彦等人同意了半藏的建议，答应协助半藏实现雨之国的和平。但这一切不过是祸端的开始，弥彦等人在政治上还很幼稚。一切都是半藏的圈套和陷阱，他担心雨隐的主导权被弥彦夺走，为此处心积虑地要除去弥彦。果然，在约好交涉的地点，包括木叶的暗部在内，半藏率精锐部下埋伏在那里。半藏和木叶暗部的首领团藏勾结，想要将晓全部抹杀。团藏为了争夺火影的宝座，答应协助半藏。半藏为了维护雨隐的统治，勾结了团藏。在长门眼里，这两个藏，就是狼狈为奸沆瀣一气。
半藏出其不意地抓住了小南，说出了自己的真实目的，以小南的性命为要挟，逼弥彦自杀。半藏掷下苦无，让长门用这把苦无杀死弥彦，“这样的话，我就放你和这个女人逃走。”小南大惊，“住手啊，长门。别管我，你们两个快掉逃走，回头再给我报仇！”弥彦见情况危急，命令长门用苦无杀死自己，以便救出小南。看到长门犹豫不决，弥彦抓住长门的手臂，把苦无刺入自己的身体，自尽而亡。临终前，弥彦嘱咐长门，“你和小南要一起好好活下去！你也许真的是这个世界的救世主……一定可以的……”
弥彦就此死去，小南悲痛欲绝，长门陷入了痛苦中。半藏见目的达到，晓已经群龙无首，下达了总攻击的命令，“杀！”顷刻间，晓的成员伤亡惨重，长门用神罗天征弹开了雨忍的攻击，趁机接近了半藏，救出了小南。然而，半藏已经在小南的所在位置，布置了大量的起爆符，长门中了陷阱，被起爆符缠住了