经过几乎一整天的厮杀，快到天黑的时候，除了偶有零星的抵抗，整个于阗城被袁崇焕都占领了，明军士兵们都累极了，袁崇焕下令收兵整顿部队，接下来是开饭宿营。这是一场残酷的巷战，清点死伤的士兵，袁崇焕发现竟然有两千多人的伤亡，心疼不已，看起来这巷战真是绞肉机一般。当然了，攻城一方伤亡例一十还是可以接受的，因为这个时代攻城方的伤亡例通常是十一。
在黑夜的于阗城，发生了无数的罪恶，不过这不是明军干的，随军而来的后勤兵们如饥饿的狼群，冲向了城内的小院，然后第二天，这些人死伤了一百多人，尤其是郝永忠带的那帮人。不等袁崇焕知道，还没有吃早房的郝永忠部下和习令色台吉的部下开始屠城，凡是男人不管大小一律被杀，留下的只有年轻女人。得知消息的袁崇焕有些不忍，下令打了郝永忠、习令色台吉每人二十军棍，接下来把这些女子分配给了那些后勤兵，有组成了五千多对鸳鸯。挨了打的郝永忠和习令色台吉每人捂着屁股挑了两个女人，这俩家伙带着痛苦的笑容自己调养去了，其实袁崇焕也没有真打，做做样子而已，不让不能令行禁止还行。
打下于阗城以后，经过调查才发现，朱有孝给的命令有错，这于阗城才是攻击的目标，和田现在才是一个采玉的矿场而已。怪不得这里的城池坚固，人口颇多，原来这是叶尔羌汗国的六城之一。袁崇焕占据于阗城以后开始对附近一带进行清理，结果竟然发现这一代还有近万的具有汉人血统的族人，反正城里有的是房子，让他们搬进了于阗城，再加俘虏的人给他们做奴隶，这于阗城迅速又恢复了繁荣的景象。